ドローンの国家資格制度ができた後も、現在と同様に、引き続きドローン操縦技能証明証を使用した国土交通省への飛行許可申請が可能です。

詳しくは、下記の記事をご確認ください。
ドローン機体認証・操縦ライセンス制度につきまして