現在は国家資格と民間資格が併用されています。

しかしながら2025年12月を目途に民間資格の効力は失効いたします。

そのため国土交通省への飛行許可申請において使用できるのは国家資格のみとなります。

詳しくは、下記の記事をご確認ください。
ドローン民間資格の効力失効について